Blok Operacyjny Centrum Pediatrii jest nowoczesnym, w pełni wyposażonym oddziałem przeznaczonym do wykonywania operacji i zabiegów chirurgicznych, także w stanach zagrożenia życia, wraz ze wszystkimi czynnościami towarzyszącymi przed i po zabiegu. Operacje odbywają się w klimatyzowanych salach z nowoczesnym instrumentarium i aparaturą anestezjologiczną w zakresie chirurgii ogólnej dziecięcej, urazowo-ortopedycznej, laryngologii, urologii, chirurgii plastycznej oraz dermatologicznej. Blok współpracuje z Oddziałem Anestezjologii i Intensywnej Terapii dla Noworodków i Dzieci, gdzie przekazywani są pacjenci w stanie zagrożenia życia. Placówka dysponuje dwiema salami operacyjnymi, salą wprowadzeń i wybudzeń oraz pomieszczeniami pomocniczymi, m.in. magazynem sprzętu sterylnego. Personel stanowi doświadczona kadra specjalistów, w tym trzy pielęgniarki pediatryczne, pod kierownictwem Ordynatora Oddziału Anestezjologii i Intensywnej Terapii.