Oddział Gastroenterologiczny dla Dzieci obejmuje opieką pacjentów od 0 do 18. roku życia i dysponuje 18 łóżkami, w tym 2 łóżkami intensywnej opieki medycznej. Rodzice mogą przebywać z najmłodszymi pacjentami dla ich komfortu. Oddział zajmuje się diagnostyką i leczeniem chorób przełyku (m.in. refluks, eozynofilowe zapalenie przełyku), żołądka i dwunastnicy (choroba wrzodowa), jelita cienkiego (zaburzenia wchłaniania, celiakia, zespół przerostu bakteryjnego), jelita grubego (nieswoiste zapalenia jelit, choroba Hirschsprunga, zaparcia, nietrzymanie stolca), zaburzeń funkcjonalnych przewodu pokarmowego, otyłości, zaburzeń odżywienia, alergii pokarmowej oraz wybranych chorób wątroby i trzustki. Diagnostyka obejmuje endoskopię (gastroskopia, kolonoskopia), pH-metrię z impedancją, manometrię odbytu, ultrasonografię, badania radiologiczne i wodorowe testy oddechowe. Oddział dysponuje nowoczesnym sprzętem endoskopowym, USG oraz szerokim zapleczem laboratoryjnym, a opiekę psychologiczną zapewniają wykwalifikowani specjaliści. Zespół lekarsko-pielęgniarski stale podnosi kwalifikacje poprzez szkolenia i publikacje naukowe.