Oddział Nefrologii GCZD hospitalizuje rocznie ok. 750 dzieci i młodzieży do 18. r.ż. Zajmuje się diagnostyką i leczeniem chorób nerek i układu moczowego. Współpracuje z Oddziałami Urologii, Intensywnej Terapii oraz Neonatologii. Leczone są m.in.: zespół nerczycowy, kłębuszkowe zapalenia nerek, wady układu moczowego, nadciśnienie, zakażenia dróg moczowych, torbielowatość, kamica, moczenie, przewlekła i ostra niewydolność nerek. Oddział korzysta z nowoczesnej diagnostyki obrazowej (USG, TK, MR), wykonuje biopsje nerek, badania urodynamiczne, uroflowmetrię i całodobowy pomiar ciśnienia. Prowadzi działalność dydaktyczną i naukową (m.in. rejestr ARegPKD, badania genetyczne z Boston Children's Hospital). Kształci studentów ŚUM i lekarzy specjalizujących się w pediatrii i nefrologii. Kadra regularnie uczestniczy w konferencjach krajowych i międzynarodowych.