Klinika Neonatologii zapewnia opiekę nad noworodkami i wcześniakami w ramach trzeciego stopnia referencyjności. Obejmuje trzy odcinki: rooming-in, Patologii Noworodka oraz Intensywnej Terapii Noworodka. Dysponuje 21 inkubatorami stacjonarnymi, dwoma transportowymi i nowoczesnym sprzętem do terapii oddechowej. Klinika prowadzi kompleksową diagnostykę i leczenie noworodków chorych, niedojrzałych i niewydolnych oddechowo, realizując zabiegi chirurgiczne i okulistyczne oraz badania przesiewowe, m.in. w kierunku SMA. Zespół specjalistów – neonatolodzy, fizjoterapeuta, neurologopeda i konsultanci z różnych dziedzin – zapewnia pełną opiekę nad dzieckiem i matką. Promowane jest karmienie naturalne, także z Banku Mleka Kobiecego. Po wypisie dzieci objęte są dalszą opieką w Poradni Zaburzeń Rozwoju.