Klinika Chirurgii i Urologii Dzieci i Młodzieży prowadzi pełny zakres diagnostyki i leczenia operacyjnego w chirurgii dziecięcej, stosując zarówno techniki klasyczne, jak i małoinwazyjne. Specjalizuje się w chirurgii onkologicznej, w tym w resekcjach guzów wątroby oraz ich chemoembolizacji i termoablacji, pełniąc funkcję ogólnopolskiego koordynatora leczenia nowotworów wątroby u dzieci. Wykonuje skomplikowane zabiegi wideochirurgiczne, takie jak torakoskopowe i laparoskopowe operacje płuc, przełyku, dróg żółciowych, jelit, nerek czy śledziony. Zajmuje się rekonstrukcjami przełyku, wydłużaniem jelita cienkiego w zespole krótkiego jelita oraz przezodbytniczym leczeniem choroby Hirschsprunga. Klinika wykonuje także złożone rekonstrukcje dróg moczowych z wytwarzaniem pęcherzy jelitowych, endoskopowe leczenie kamicy układu moczowego oraz wad wrodzonych, a także zabiegi w zakresie chirurgii klatki piersiowej i tarczycy.