Klinika Neonatologii UCK jest ośrodkiem o najwyższym, III stopniu referencyjności, zapewniającym kompleksową opiekę nad noworodkami zdrowymi, chorymi i przedwcześnie urodzonymi. Obejmuje wszystkie dzieci urodzone w szpitalu oraz transportowane z innych placówek województwa pomorskiego. W strukturze Kliniki działają: Oddział Intensywnej Terapii Noworodka, Oddział Patologii Noworodka, system rooming-in, Poradnia Patologii Noworodka oraz Bank Mleka Kobiecego. Klinika specjalizuje się w leczeniu skrajnie niedojrzałych wcześniaków, noworodków w ciężkiej zamartwicy, dzieci z wadami wrodzonymi oraz retinopatią wcześniaczą. Zapewnia nowoczesną diagnostykę, różne metody wspomagania oddechu, hipotermię leczniczą i laseroterapię we współpracy z innymi klinikami. Zdrowe noworodki przebywają z matkami w systemie rooming-in, a rodzice otrzymują edukację i wsparcie psychologa, neurologopedy oraz rehabilitanta. Klinika prowadzi również Poradnię Laktacyjną oraz umożliwia krótkoterminowy pobyt matek dzieci hospitalizowanych.